Het Hartebrugkoor komt voort uit het oorspronkelijk Herenkoor (1836).
Dit koor is in 1966 overgegaan in het Gemengd Koor St. Caecilia van de RK Leidse parochie OLV Onbevlekt Ontvangen, beter bekend als de parochie van de Hartebrugkerk - voor de echte Leidenaar de 'Coelikerk' aan de Haarlemmerstraat.

In april 1990 neemt René Verhoeff het dirigentschap over van Jan Schmitz onder wiens leiding en orgelbegeleiding het koor jarenlang heeft gezongen.
In 1990 wordt ook Folkert Grondsma als vaste organist van de Hartebrugkerk aangesteld. Op 1e Pinksterdag 1990 verzorgt het vernieuwd 'Hartebrugkoor' voor het eerst de plechtige Hoogmis met de Missa Sancta Dei Genitrix van Berthold Wassmer, Gregoriaanse gezangen door de Schola Cantorum, orgelspel van Folkert Grondsma en muziek van Pachelbel door leden van het ensemble Leiden Sinfonietta. 

Onder de bezielende leiding van René Verhoeff groeit het koor uit van 20 tot meer dan 60 leden. Het repertoire verbreedt en verdiept zich. Dat lijkt niet onopgemerkt te blijven: het kerkbezoek verdubbelt in de loop der jaren. Via RKK/KRO-radio worden regelmatig gezongen kerkvieringen op de zondagochtend via Radio 5 uitgezonden. Concerten worden goed bezocht en steeds vaker wordt het koor gevraagd op te treden bij bijzondere gelegenheden als huwelijken en uitvaarten.  

Op 20 december 2000 overlijdt organist Folkert Grondsma geheel onverwachts op 59-jarige leeftijd. Een schokkende gebeurtenis voor het koor en een groot gemis van een zeer gewaardeerd organist. Zijn plaats wordt ingenomen door de talentvolle Jan Verschuren en enige jaren later Jan Upperman als tweede organist.